A l'issue de la période d'essai préalable de 3 mois, un projet individualisé est élaboré en présence des parents. Le projet individualisé de l'enfant, réévalué deux fois par an, est un outil précieux pour les équipes et le référent de l'enfant. Il permet de mettre l'accent sur les évolutions du bénéficiaire et de déterminer en collaboration avec les parents et l'enfant le parcours qui conviendra le mieux à ses aspirations et besoins.
Plusieurs partenariats avec des Centres de formation professionnelle ont été réalisés : formation agriculture/élevage, bâtiment, école ménagère. L'âge croissant des enfants scolarisés amène Ephata à faire une priorité de développer la recherche de tels partenariats et de structures à visée professionnelle afin d'assurer une intégration professionnelle optimale aux bénéficiaires.
Les liens avec les entreprises de la ville et de la région ont été développés pour étendre les possibilités de stage des élèves et ouvrir leurs perspectives d'avenir professionnel. Ces initiatives ont été concluantes puisque quatre élèves ont eu l'opportunité de se voir offrir une offre d'embauche à l'issue de leur stage auprès d'une entreprise à but socio-économique. Une a été embauchée dans un atelier de couture. Toutefois, la recherche d’emploi reste un parcours difficile et les aprioris négatifs vis-à-vis du handicap complexifient davantage la tâche. Ephata met donc également l'accent sur la nécessité de développer ses rapports avec les entreprises environnantes.
Le Centre initie des projets pilotes en collaboration avec les bailleurs de fonds pour offrir, dans la mesure de ses possibilités, un soutien matériel aux élèves sortants. Ainsi, depuis 2016, 4 poulaillers pédagogiques ont été construits dans le Centre pour préparer certains élèves motivés pour l'élevage à créer une activité génératrice de revenus une fois chez eux.
Le Centre met en œuvre tous les moyens à sa disposition pour offrir aux élèves une scolarisation adaptée et assurer une intégration sociale et professionnelle optimale en multipliant les partenariats avec des particuliers, des entreprises et des organismes de financement. Toutefois, le Centre insiste sur le fait que la réussite dépend de l'implication de chaque acteur direct ou indirect (le jeune, sa famille, les voisins, le chef du village, le prêtre ou pasteur...). Un projet individuel ne peut être cohérent que s'il prend en compte le contexte social et familial dans lequel le jeune en situation de handicap va être réinséré.